发票存根联的保存期限是五年。法律依据：根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第二十九条规定：开具发票的单位应当按照税务机关规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已开具的发票存根联应当保存5年，保存期满，报经税务机关查验后销毁。

　　开具发票后的记账联作为记账原始凭证附件保存，所以同凭证保管年限一样是30年。同时，《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条丢失发票以及擅自损毁发票的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。

　　发票是指一切单位和个人在购销商品、提供或接受服务以及从事其他经营活动中，所开具和收取的业务凭证，是会计核算的原始依据，也是审计机关、税务机关执法检查的重要依据。

　　存根联用途：一般是指已开具的发票用来存档的，发票联是给对方用来做账的，抵扣联是给对方用来抵扣进项税额的，记账联是自己开完发票后用来记账的。存根联放入记账凭证里，按规定是不应该另外保存，应由单独保管备查。