南京共有51所大学，其中比较出名的大学有南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、南京工业大学、南京邮电大学、河海大学、南京林业大学、南京信息工程大学、南京农业大学、南京医科大学、南京中医药大学、中国药科大学、南京师范大学、南京财经大学。其中，南京大学和东南大学是985，而南京航天航空大学、南京理工大学、河海大学、南京大学、东南大学、南京师范大学、中国药科大学、南京农业大学则是211。

　　而在南京所有大学里，南京大学是知名度最高的。学校共有四个校区，33个院系，本科生13350人、硕士研究生17201人、博士研究生8385人、留学生1117人。学校还有一级学科国家重点学科8个，二级学科国家重点学科13个，“双一流”建设学科16个，本科专业89个，博士学位授权一级学科点42个。除此之外，在全国第四轮学科评估中，南京大学3个学科获得A+，11个学科获得A，7个学科获得A-，A类学科总数在全国高校中名列第六，A+学科总数排名第十七位。

　　其次是东南大学，东南大学肇始于1902年创建的三江师范学堂。目前建有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区，还有35个院系，87个本科专业。据悉，学校有12个学科入选第二轮“双一流”建设学科名单、5个学科在第四轮学科评估中获得A+。此外，学校还有13个学科进入ESI世界前百分之一，工程学位居ESI世界前万分之一行列，居全球第17位，材料科学和计算机科学位居ESI世界前千分之一行列，其中计算机科学位居全球第9位。

　　除了这两所大学，南京师范大学的知名度也是很高的。学校拥有仙林、随园、紫金三个校区，其中随园校区还有着“东方最美丽的校园”之美誉。而且学校还拥有国家重点学科6个、国家重点（培育）学科3个，6个学科在全国第四轮学科评估中被评为A类，10个学科跻身ESI全球前1%。不止这些，南京师范大学还是全国首批对外开放大学，是国家设立的教育部来华留学示范基地、对外汉语教学基地、首批华文教育基地和港澳台地区幼儿教育培训基地。